Los pepinos de mar que se consumen en Japón se presentan en variedades rojas, azules y negras, pero los restaurantes de sushi utilizan principalmente los rojos y los azules. Por cierto, las variedades azul y negra pertenecen a la misma especie. Los pepinos de mar rojos habitan en zonas rocosas y tienen una textura ligeramente firme. Los pepinos de mar azules, por su parte, viven en zonas arenosas y se caracterizan por su textura suave. En el mercado, los pepinos de mar rojos alcanzan un precio más elevado que los azules.
Para preparar el pepino de mar, primero se cortan ambos extremos. A continuación, se realiza una incisión longitudinal a lo largo de la parte ventral, se abre, se retiran las vísceras y se enjuaga con agua fría. Se espolvorea sal sobre la superficie y se frota con las manos para eliminar la mucosidad; después, se enjuaga bien con agua fría. Si este proceso se realiza con cuidado, el color de la piel cambia de marrón rojizo a gris.
A la hora de consumir el pepino de mar con vinagre, un método para ablandarlo consiste en cocerlo a fuego lento en té bancha. Un tiempo de cocción más corto da como resultado una textura más firme, mientras que un tiempo más largo lo hace más blando. Sin embargo, hay que tener en cuenta que cuanto más tiempo se cocine, más se cocerá en su interior. Además, los taninos y las catequinas del té ayudan a mitigar el olor característico del pepino de mar.
El pepino de mar rojo fresco se utiliza para el nigiri sushi. Sin embargo, dado que su preparación requiere mucho trabajo en relación con la escasa demanda, muy pocos restaurantes de sushi en Tokio lo ofrecen. Además, al carecer de un sabor especialmente atractivo, probablemente se disfruta principalmente por su textura.
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