Fliegende Fische sind in tropischen und subtropischen Gewässern auf der ganzen Welt zu finden. In den Meeren, die das japanische Archipel umgeben, finden sich viele Arten von fliegenden Fischen. Daher lässt sich keine Spezies im Besonderen für Tobiko festmachen. Aufgrund ihrer Bedeutung sind jedoch der Japanische Flugfisch (hon-tobiou), der Dunkelkantenflügel Flugfisch (hoso-tobiuo) und der Gleitende Flugfisch (aka-tobiou) hervorzuheben. Nach dem derzeitigen Stand der Wissenschaft schätzt man die Gesamtzahl der Arten von fliegenden Fischen auf 60 bis 70.